Для начала в пользовательских настройках уменьшите скорость и ускорения свободного перемещения по оси Х. У вас 2-х фазные ШД, они не любят скорость и ускорение . Ну, и дробление шага могло слететь.
Положение головы на столе показывается верно, но из-за пропуска шагов, в следствии резонанса, голова не докатывает до данной точки.