Компенсация обратного смещения при двунаправленной гравировке - Это основная рабочая версия.
Для подтверждения её выполните однонаправленную гравировку. Если при однонаправленной гравировке всё будет "чётенко", а оно будет "чётенько", то - корректируем компенсацию обратного смещения при двунаправленной гравировке. (С механикой, как вы сказали, всё уже проверено: люфты, ремни, оптика и т.д.)
И, судя по всему, вы не читали инструкцию к контроллеру .. )