Дело в том, что хоть акрил и отличается от органического стекла, режутся эти два материала одинаково. Их даже и считают одинаковыми материалами, хотя, это не так.
Вы бы хоть фото показали, как и что у вас там заплавляется.
Что-то мне подсказывает, что вы пытаетесь резать не оргстекло, а синтетическое стекло, которое часто в магазинах выдают за оргстекло, но по составу оно очень сильно отличается от акрила и органического стекла, и при резке лазером, реально сильно заплавляет края.
На фото выше я вам показал органическое экструзионное стекло.