Так бы сразу и сказали.
А какие есть настройки по управлению ШД из софта? На DSP контроллерах такое происходит, если управление ШД, скажем так, идёт по заднему фронту ШИМ, если переключить по переднему фронту ШИМ, данный косяк пропадает. Так же на многих драйверах есть и механическое переключение данного режима.
И вообще, что за станок, что за софт и т.д.?