Направляющие по Y не в одной плоскости. Лечится поднятием/опусканием ближнего к выходу луча угла направляющей. В данном случае, если луч выходит слева сверху, надо приподнять ближнюю к трубе точку направляющей на 2-3 мм. и повторить юстировку.
А по вопросу (труба по уровню) - забудьте про это навечно! Труба может стоять под любым углом к первому зеркалу, это вообще ни на что не влияет при юстировке, мало того, она и должна стоять "криво" - жопа ниже морды миллиметров на 10.