Левый верхний и правый нижний угол имеют необычный всплеск, что характерно, окружности искривлены в тех же секторах.
Как правило это говорит о люфтах, но в Вашем случае возможно:
1 недостаточная жесткость станка
2 ремни справа и слева имеют разный шаг
3 рассинхронизация ШД вызывающая перекос портала.
Еще похоже рез по вертикали и горизонтали разной ширины.
А у квадратов неплохо бы проверить прямоугольность.