Потому что платы на Arduino (на чипах ATmega) без грамотной разводки плат глючат из-за наводок. У Вас скорее всего сильно "шумит" сам лазер.
Возможно, поможет уменьшение скорости обмена, если прошивка и УП позволяет.
Опторазвязка может помочь, если наводки идут по сигнальной линии. Если по питающей всё гораздо сложнее. Можно попробовать, как @alexander-1 написал заземлить и компьютер и станок ну или соединить корпус компьютера и станка, может разность потенциалов слишком большая.
Если всё таки хочется попробовать обойтись малой кровью, то для опторазвязки USB можно попробовать вот этот модуль с Алишки: https://letyshops.com/r/aliexpress-34416ef69a8 , но уверенности, что он 100% поможет у меня нет, т.к. неизвестно откуда именно у Вас наводки.
Если ось Z по высоте не регулируется двигателем (судя по всему нет), то 3х достаточно.
Думаю, придётся таки дорабатывать конструкцию.
Боюсь, в случае выбора другого контроллера, с такими познаниями Вам будет достаточно трудно поставить новый... потому что придётся как минимум сверить распиновку и подключить в соответствии со старой платой.