Доброго дня.
Обычно объединяю все объекты, потом разделяю:
Красный контур режется сначала, коричневый в самую последнюю очередь, разделяя все объекты.
Попробуйте вырезать Ваш вариант на пластике - если будут опять сильные недорезы, то нужно смотреть механику. Фанера вполне может быть кривая и изгибаться, когда прорезают.