Такая проблема из-за механики. Нужно раз в 2 месяца проводить маленькое ТО по подтяжек, проверке перескока зубьев, возможно еще прокручивается муфта на валу шаговика, которая соединяет двигатель с осью X или Y (как раз при движении одна сторона будет уходить раньше чем вторая).
Для проверки ремня, необходимо передвинуть голову в начальную точку координат, т.е. в левый верхний угол. По средине направляющей Х или У попробовать сомкнуть между собой ремни, если они идут очень легко, нужно подтянуть (но без фанатизма, иначе будет тяжело крутить шаговику).