Раньше, похоже, всё было нормально?
Обычно, при пропорциональной ошибке, причина в неправильном значении количества шагов на мм. Но т.к. у Вас м2, количество шагов отдельно по осям менять нельзя, следовательно, я думаю, что нужно уделить внимание оси Y - протянуть все винты у шкивов (особенно у муфт у шагового двигателя) и вообще везде, т.к. мне кажется, что у Вас у оси Y люфт и он каким-то образом само исправляется, поэтому размер совпадает. Попробуйте вырезать не квадрат, а, ну пусть будет трапеция под углом в 60 градусов.