Проблема не в чертежных программах. Как сказал ТС, проблема в люфте вала одной из осей (в нашем случае Y). Сначала не поверили в это (станок абсолютно новый). Грешили на программный сбой, но когда поменяли местами разъемы двигателей, то увидели ту же картину на той же оси, если проблема программная (аппаратная) то сбой был бы на другой оси. А так чистая механика. Плюс ТС вовремя ответил в личке и навел на решение.
Люфт нашли, завтра будем побеждать.
По итогам отпишусь.