Приветствую
У меня такой же мотор с энкодером
Одна из осей станка чпу вываливается в аварию , поменял энкодеры местами с юстировкой по вашей методе оугается на один из энкодеров...
Сигналы идентичные - установив оба мотора с энкодерами через ремешок и приводом от шуроповерта .
Но сигнал с осциллографа не синхронизируется при синхронизации от другого энкодера- по идее должны.,
Поэтому мысль - может энкодер поменял колличество импульсов- у вас не такая была проблема ?